برخی مکمل های غذایی ممکن است با داروهای تجویز شده برای بیماران تداخل داشته باشند. ضمناً اثربخشی برخی مکمل ها همراه با موادی چون قهوه کاهش می یابد. از این رو باید قبل از دریافت هر نوع مکمل نسبت به مناسب بودن مصرف آن با شرایط فردی با پزشک مشورت نمود.
کلسیم: با آنتی بیوتیک های تتراسایکلین تداخل دارد. لذا مکمل کلسیم نباید همزمان با این داروها مصرف شود. مصرف همزمان لبنیات یا غذاهای حاوی کلسیم به علت ایجاد ترکیب پیچیده نامحلول با تتراسایکلین باعث کاهش جذب این دارو می شوند. از این رو توصیه می شود مکمل کلسیم و منابع کلسیم به فاصله 1 تا 3 ساعت بعد از خوردن تتراسایکلین مصرف شود.
روغن ماهی: ممکن است اثر داروی وارفارین را مختل کند. وارفارین داروی ضد انعقادی است که برای مبتلایان به مشکلات انعقادی تجویز می شود. همچنین مصرف مقادیر زیاد غذاهای غنی از ویتامین K می تواند اثرات ضد انعقادی وارفارین را مهار کند.
اسید فولیک: غلظت اسید فولیک در خون به هنگام مصرف فنی توئین (داروهای ضد صرع) و هیدروکورتیزون که باعث افزایش تجزیه فولات در بدن می شوند کاهش می یابد. از این افرادی که فنی توئین دریافت می کنند به اسید فولیک بیشتری نیاز دارند.
مکمل ویتامین A: مصرف دوز بالای این ویتامین در زنان باردار باعث بروز نقایص مادرزادی می شود.
مکمل ویتامین B: چای و قهوه اثرات نامطلوبی بر مکمل ویتامین B دارند، لذا باید از مصرف همزمان آنها خودداری کرد.